Todo el mundo tiene unos mecanismos de defensa frente a agentes perjudiciales para el organismo, que son el sistema inmunológico. Es un sistema muy eficaz y complejo. El riñón trasplantado es considerado por el organismo como algo extraño, de modo que el sistema inmunológico de forma automática lo intenta rechazar (a excepción del trasplante entre hermanos gemelos). Con el tratamiento inmunosupresor se intenta frenar esta respuesta, con el fin de permitir que el riñón se adapte a nuestro organismo. Esto se consigue en la mayor parte de los casos. El rechazo del riñón se produce cuando el sistema inmunológico supera el efecto del tratamiento inmunosupresor que administramos.